Experiments with random sets of genes (mouse genes, masked sequences)
Nomenclature and parameters
Summary of results
Summary of results
  max_n_motifs=2 mm   hs max_n_motifs=3 mm   hs max_n_motifs=4 mm   hs       n_s
max_d n_module median1 min1 median2 min2 n_module median1 min1 median2 min2 n_module median1 min1 median2 min2 id n_moitfs <seq length> number of genes in set
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random 1 356 7613 20
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random2 343 7453 20
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random3 358 8268 20
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 1 5.6E-03 5.6E-03 1.0E+00 1.0E+00        
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random4 416 8078 20
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random5 375 7981 20
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random 6 398 8458 30
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan    
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan    
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random7 370 8626 30
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan    
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 2 3.6E-04 2.9E-04 6.0E-01 2.0E-01    
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 3 1.0E-03 5.0E-04 1.3E-03 8.7E-04        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random8 338 8249 30
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan    
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan    
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random9 424 7309 30
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan    
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan    
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random10 338 7861 30
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan    
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan    
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 2 9.5E-03 3.3E-03 5.1E-01 1.5E-02        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random11 341 8515 40
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random12 387 8158 40
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
200 1 2.7E-02 2.7E-02 1.8E-02 1.8E-02 1 2.7E-02 2.7E-02 1.8E-02 1.8E-02 2 2.6E-03 1.5E-03 2.1E-03 1.2E-03        
25 1 2.6E-02 2.6E-02 1.7E-02 1.7E-02 1 2.6E-02 2.6E-02 1.7E-02 1.7E-02 1 2.6E-02 2.6E-02 1.7E-02 1.7E-02 random13 352 7699 40
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
100 1 2.4E-02 2.4E-02 2.9E-02 2.9E-02 2 5.0E-03 4.6E-03 1.6E-02 2.4E-03 1 2.2E-03 2.2E-03 2.4E-03 2.4E-03        
200 0 nan nan nan nan 1 9.2E-03 9.2E-03 1.6E-02 1.6E-02 36 1.6E-04 1.6E-04 1.0E+00 1.4E-04        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random14 400 7713 40
50 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan        
100 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 1 2.8E-03 2.8E-03 3.3E-02 3.3E-02        
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 36 2.1E-04 2.1E-04 1.0E+00 2.5E-01        
25 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan random15 384 7427 40
50 1 1.1E-03 1.1E-03 1.0E+00 1.0E+00 2 6.5E-04 1.7E-04 1.0E+00 1.0E+00 2 6.5E-04 1.7E-04 1.0E+00 1.0E+00        
100 0 nan nan nan nan 1 7.3E-05 7.3E-05 1.0E+00 1.0E+00 1 7.3E-05 7.3E-05 1.0E+00 1.0E+00        
200 0 nan nan nan nan 0 nan nan nan nan 1 2.7E-04 2.7E-04 1.0E+00 1.0E+00        
mean 0.1 2.0E-02 2.0E-02 2.7E-01 2.7E-01 0.1 1.1E-02 1.1E-02 3.4E-01 3.4E-01 1.5 4.0E-03 3.3E-03 5.5E-01 3.5E-01 372.0 7960.5 mean
std 0.3 1.2E-02 1.2E-02 4.9E-01 4.9E-01 0.4 1.2E-02 1.2E-02 5.1E-01 5.1E-01 6.5 7.2E-03 7.0E-03 4.7E-01 4.6E-01 28.6 418.9 std
min 0.0 1.1E-03 1.1E-03 1.7E-02 1.7E-02 0.0 7.3E-05 7.3E-05 1.6E-02 2.4E-03 0.0 7.3E-05 7.3E-05 1.3E-03 1.4E-04 338.0 7308.8 min
max 1.0 2.7E-02 2.7E-02 1.0E+00 1.0E+00 2.0 2.7E-02 2.7E-02 1.0E+00 1.0E+00 36.0 2.6E-02 2.6E-02 1.0E+00 1.0E+00 424.0 8626.3 max
median 0.0 2.5E-02 2.5E-02 2.4E-02 2.4E-02 0.0 7.1E-03 6.9E-03 1.8E-02 1.8E-02 0.0 1.0E-03 5.0E-04 6.0E-01 3.3E-02   370.0 7981.3 median
max_n_motifs=2 median1     hs max_n_motifs=3 mm   hs max_n_motifs=4 mm   hs
n_module median1 min1 median2 min2 n_module median1 min1 median2 min2 n_module median1 min1 median2 min2
Nomenclature and parameters
n_s number of random mouse genes used as input to the program (20, 30 or 40)
n_motifs total number of motifs
max_n_motifs maximum number of motifs in a module (2, 3 or 4)
max_d maximum distance between motifs (25, 50, 100 or 200 bp)
n_module number of module predictions
median1 median enrichment p value for mouse
min1 best (minimum) p value for all the modules for mouse
median2 median enrichment p value for the same modules in humans
min2 best (minimum) p value for the same modules in humans
<seq length> average sequence length (bp)
Note: If the output was 0 modules (n_module=0), then the p values are nan (not a number)
Other parameters:
maximum upstream length = 5000
maximum exon length = 5000
maximum intron length = 5000
motif comparison threshold = 70
reverse strand = true
scan threshold = min_fn
minimum genes with module = 4
order = false
sequence source = ncbi
mask non-conserved = true