| Experiments with random sets of genes (mouse genes, masked sequences) | | | | | | | | | | | | |
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| Nomenclature and parameters | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| Summary of results | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| Summary of results | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| | max_n_motifs=2 | mm | | hs | max_n_motifs=3 | mm | | hs | max_n_motifs=4 | mm | | hs | | | | n_s |
| max_d | n_module | median1 | min1 | median2 | min2 | n_module | median1 | min1 | median2 | min2 | n_module | median1 | min1 | median2 | min2 | id | n_moitfs | <seq length> | number of genes in set
|
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random 1 | 356 | 7613 | 20 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random2 | 343 | 7453 | 20 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random3 | 358 | 8268 | 20 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 1 | 5.6E-03 | 5.6E-03 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random4 | 416 | 8078 | 20 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random5 | 375 | 7981 | 20 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random 6 | 398 | 8458 | 30 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random7 | 370 | 8626 | 30 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 2 | 3.6E-04 | 2.9E-04 | 6.0E-01 | 2.0E-01 | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 3 | 1.0E-03 | 5.0E-04 | 1.3E-03 | 8.7E-04 | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random8 | 338 | 8249 | 30 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random9 | 424 | 7309 | 30 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random10 | 338 | 7861 | 30 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 2 | 9.5E-03 | 3.3E-03 | 5.1E-01 | 1.5E-02 | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random11 | 341 | 8515 | 40 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random12 | 387 | 8158 | 40 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 200 | 1 | 2.7E-02 | 2.7E-02 | 1.8E-02 | 1.8E-02 | 1 | 2.7E-02 | 2.7E-02 | 1.8E-02 | 1.8E-02 | 2 | 2.6E-03 | 1.5E-03 | 2.1E-03 | 1.2E-03 | | | | |
| 25 | 1 | 2.6E-02 | 2.6E-02 | 1.7E-02 | 1.7E-02 | 1 | 2.6E-02 | 2.6E-02 | 1.7E-02 | 1.7E-02 | 1 | 2.6E-02 | 2.6E-02 | 1.7E-02 | 1.7E-02 | random13 | 352 | 7699 | 40 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 1 | 2.4E-02 | 2.4E-02 | 2.9E-02 | 2.9E-02 | 2 | 5.0E-03 | 4.6E-03 | 1.6E-02 | 2.4E-03 | 1 | 2.2E-03 | 2.2E-03 | 2.4E-03 | 2.4E-03 | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 1 | 9.2E-03 | 9.2E-03 | 1.6E-02 | 1.6E-02 | 36 | 1.6E-04 | 1.6E-04 | 1.0E+00 | 1.4E-04 | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random14 | 400 | 7713 | 40 |
| 50 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 1 | 2.8E-03 | 2.8E-03 | 3.3E-02 | 3.3E-02 | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 36 | 2.1E-04 | 2.1E-04 | 1.0E+00 | 2.5E-01 | | | | |
| 25 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | random15 | 384 | 7427 | 40 |
| 50 | 1 | 1.1E-03 | 1.1E-03 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | 2 | 6.5E-04 | 1.7E-04 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | 2 | 6.5E-04 | 1.7E-04 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | | | | |
| 100 | 0 | nan | nan | nan | nan | 1 | 7.3E-05 | 7.3E-05 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | 1 | 7.3E-05 | 7.3E-05 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | | | | |
| 200 | 0 | nan | nan | nan | nan | 0 | nan | nan | nan | nan | 1 | 2.7E-04 | 2.7E-04 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | | | | |
| mean | 0.1 | 2.0E-02 | 2.0E-02 | 2.7E-01 | 2.7E-01 | 0.1 | 1.1E-02 | 1.1E-02 | 3.4E-01 | 3.4E-01 | 1.5 | 4.0E-03 | 3.3E-03 | 5.5E-01 | 3.5E-01 | | 372.0 | 7960.5 | mean |
| std | 0.3 | 1.2E-02 | 1.2E-02 | 4.9E-01 | 4.9E-01 | 0.4 | 1.2E-02 | 1.2E-02 | 5.1E-01 | 5.1E-01 | 6.5 | 7.2E-03 | 7.0E-03 | 4.7E-01 | 4.6E-01 | | 28.6 | 418.9 | std |
| min | 0.0 | 1.1E-03 | 1.1E-03 | 1.7E-02 | 1.7E-02 | 0.0 | 7.3E-05 | 7.3E-05 | 1.6E-02 | 2.4E-03 | 0.0 | 7.3E-05 | 7.3E-05 | 1.3E-03 | 1.4E-04 | | 338.0 | 7308.8 | min |
| max | 1.0 | 2.7E-02 | 2.7E-02 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | 2.0 | 2.7E-02 | 2.7E-02 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | 36.0 | 2.6E-02 | 2.6E-02 | 1.0E+00 | 1.0E+00 | | 424.0 | 8626.3 | max |
| median | 0.0 | 2.5E-02 | 2.5E-02 | 2.4E-02 | 2.4E-02 | 0.0 | 7.1E-03 | 6.9E-03 | 1.8E-02 | 1.8E-02 | 0.0 | 1.0E-03 | 5.0E-04 | 6.0E-01 | 3.3E-02 | | 370.0 | 7981.3 | median |
| max_n_motifs=2
| median1 | | | hs | max_n_motifs=3 | mm | | hs | max_n_motifs=4 | mm | | hs | | | | |
| n_module | median1 | min1 | median2 | min2 | n_module | median1 | min1 | median2 | min2 | n_module | median1 | min1 | median2 | min2 | | | | |
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| Nomenclature and parameters | | | | | | | | | | | | | | | | |
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| n_s | number of random mouse genes used as input to the program (20, 30 or 40) | | | | | | | | | | | | |
| n_motifs | total number of motifs | | | | | | | | | | | | | | | | |
| max_n_motifs
| maximum number of motifs in a module (2, 3 or 4) | | | | | | | | | | | | | | |
| max_d | maximum distance between motifs (25, 50, 100 or 200 bp) | | | | | | | | | | | | | |
| n_module | number of module predictions | | | | | | | | | | | | | | | | |
| median1 | median enrichment p value for mouse
| | | | | | | | | | | | | | | |
| min1 | best (minimum) p value for all the modules for mouse
| | | | | | | | | | | | | | |
| median2 | median enrichment p value for the same modules in humans
| | | | | | | | | | | | | |
| min2 | best (minimum) p value for the same modules in humans
| | | | | | | | | | | | | |
| <seq length>
| average sequence length (bp) | | | | | | | | | | | | | | | | |
| Note: If the output was 0 modules (n_module=0), then the p values are nan (not a number) | | | | | | | | | | | |
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| Other parameters: | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| maximum upstream length = 5000 | | | | | | | | | | | | | | | | |
| maximum exon length = 5000 | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| maximum intron length = 5000 | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| motif comparison threshold = 70 | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| reverse strand = true | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| scan threshold = min_fn | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| minimum genes with module = 4 | | | | | | | | | | | | | | | | |
| order = false | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| sequence source = ncbi | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| mask non-conserved = true | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | |