TF1	TF2	GoogleScholar	PubMed	HPREF	Rual et al	MPPI
PAX5	SP1	Y (106)	Y (1)	N	N	N
PAX5	PAX4	Y (63)	Y (1)	N	N	N
TFAP2C	EGR1	Y (3)	N (0)	N	N	N
TFAP2C	SP1	Y (7)	Y (1)	N	N	N
TFAP2C	RREB1	N (0)	N (0)	N	N	N
TFAP2C	ZNF42	N (0)	N (0)	N	N	N
TFAP2C	PAX4	N (1)	N (0)	N	N	N
TCF1	NFYC	N (1)	N (0)	N	N	N
TCF1	RUNX1	Y (9)	N (0)	N	N	N
E2F2	IRF1	Y (4)	N (0)	N	Y	N
E2F2	FOXD3	N (0)	N (0)	N	Y	N
E2F2	PAX4	Y (3)	N (0)	N	Y	N
E2F2	KLF4	N (0)	N (0)	N	Y	N
SREBF1	EGR1	N (2)	N (0)	N	N	N
SREBF1	SP1	Y (13)	N (0)	Y	N	N
SREBF1	RREB1	N (0)	N (0)	N	N	N
SREBF1	ZNF42	Y (3)	N (0)	N	N	N
SREBF1	PAX4	N (1)	N (0)	N	N	N
NFYC	NFYB	Y (11)	Y (2)	Y	N	N
LMO2	PAX3	Y (9)	N (0)	N	Y	N
EGR1	SP1	Y (459)	Y (92)	N	N	N
EGR1	CREB1	Y (30)	N (0)	N	N	N
EGR1	RUNX1	Y (18)	Y (1)	N	N	N
EGR1	RREB1	Y (6)	N (0)	N	N	N
EGR1	EP300	Y (8)	N (0)	N	N	N
EGR1	ZNF42	Y (3)	N (0)	N	N	N
EGR1	PAX4	Y (7)	N (0)	N	N	N
EGR1	KLF4	Y (20)	N (0)	N	N	N
USF1	HOXA9	Y (8)	N (0)	N	N	N
USF1	CREB1	Y (11)	N (0)	N	N	N
ZNF482	SP1	N (1)	Y (1)	N	N	N
ZNF482	ZNF42	N (0)	N (0)	N	N	N
HNF4A	NFE2L1	N (0)	N (0)	N	N	N
NFATC2	IRF1	Y (18)	N (0)	N	N	N
NFATC2	PAX4	N (0)	N (0)	N	N	N
NFATC2	KLF4	N (1)	N (0)	N	N	N
TP53	NFE2L1	N (1)	N (0)	N	Y	N
REL	RREB1	Y (6)	N (0)	N	N	N
SP1	GATA3	Y (161)	Y (5)	N	N	N
SP1	CREB1	Y (72)	Y (7)	N	N	N
SP1	SP1	NAN	NAN	NAN	NAN	NAN
SP1	RREB1	Y (12)	N (0)	N	N	N
SP1	EP300	Y (26)	N (0)	Y	N	N
SP1	ZNF42	Y (6)	Y (3)	N	N	N
SP1	GATA1	Y (283)	Y (10)	N	N	N
SP1	PAX3	Y (133)	Y (1)	N	N	N
SP1	PAX4	Y (38)	N (0)	N	N	N
SP1	KLF4	Y (108)	Y (10)	N	N	N
HOXA9	NFE2L1	N (1)	N (0)	N	N	N
CUTL1	RUNX1	Y (5)	N (0)	N	N	N
FOXC1	PAX4	N (0)	N (0)	N	N	N
FOXI1	NFE2L1	N (0)	N (0)	N	N	N
FOXI1	PAX4	N (0)	N (0)	N	N	N
IRF1	STAT2	Y (172)	Y (3)	N	N	N
IRF1	PAX4	Y (4)	N (0)	N	N	N
IRF1	KLF4	Y (8)	N (0)	N	N	N
GATA2	RREB1	Y (5)	N (0)	N	N	N
GATA2	PAX4	Y (5)	N (0)	N	N	N
TCF8	PAX4	N (0)	N (0)	N	N	N
FOXD3	PAX4	Y (5)	N (0)	N	N	N
GATA3	RREB1	Y (5)	N (0)	N	Y	N
GATA3	ZNF42	Y (4)	N (0)	N	Y	N
GATA3	MYB	Y (106)	Y (3)	N	Y	N
GATA3	PAX3	Y (24)	N (0)	N	Y	N
GATA3	PAX4	Y (6)	N (0)	N	Y	N
GATA3	KLF4	Y (9)	N (0)	N	Y	N
NFE2L1	CREB1	Y (3)	N (0)	N	Y	N
NFE2L1	RUNX1	N (1)	N (0)	N	Y	N
NFE2L1	ACTR1A	N (1)	N (0)	N	Y	N
NFE2L1	JUN	Y (18)	N (0)	N	Y	N
NFE2L1	PPARA	N (0)	N (0)	N	Y	N
CREB1	RREB1	N (0)	N (0)	N	Y	N
SP1	RUNX1	Y (79)	Y (5)	N	N	N
SP1	AHR	Y (284)	Y (18)	Y	N	Y
CREB1	ZNF42	Y (3)	N (0)	N	Y	N
CREB1	PAX4	N (2)	N (0)	N	Y	N
XBP1	RREB1	Y (3)	N (0)	N	N	N
POU2F1	RUNX1	N (2)	N (0)	N	Y	N
POU2F1	PAX4	N (2)	Y (1)	N	Y	N
RUNX1	RREB1	N (2)	N (0)	N	N	N
RUNX1	EVI1	Y (87)	Y (31)	N	N	N
RUNX1	PAX4	Y (4)	N (0)	N	N	N
NKX6-1	PAX4	Y (4)	Y (7)	N	N	N
RREB1	EP300	N (1)	N (0)	N	N	N
RREB1	ARNT	Y (4)	N (0)	N	N	N
RREB1	ZNF42	N (1)	N (0)	N	N	N
RREB1	MYB	Y (7)	N (0)	N	N	N
RREB1	GATA1	Y (6)	N (0)	N	N	N
RREB1	PAX3	N (2)	N (0)	N	N	N
RREB1	PAX4	Y (3)	N (0)	N	N	N
ELK1	ZNF42	N (2)	N (0)	N	N	N
EP300	ZNF42	N (0)	N (0)	N	N	N
EP300	GATA1	Y (5)	N (0)	N	N	N
EP300	PAX4	N (1)	N (0)	N	N	N
EP300	KLF4	N (1)	N (0)	N	N	N
ZNF42	ZNF42	-1	-1	-Y	-Y	-Y
ZNF42	GATA1	N (2)	N (0)	N	N	N
ZNF42	PAX4	N (1)	N (0)	N	N	N
ZNF42	KLF4	N (2)	N (0)	N	N	N
ZNF42	ZNFN1A1	N (0)	N (0)	N	N	N
ZNF42	PAX3	N (0)	N (0)	N	N	N
MYB	PAX4	Y (12)	N (0)	N	N	N
GATA1	PAX4	Y (6)	N (0)	N	Y	N
ZNFN1A1	PAX4	N (0)	N (0)	N	N	N
EVI1	PAX4	Y (3)	Y (1)	N	N	N
PAX4	PAX4	NAN	NAN	NAN	NAN	NAN
PAX4	KLF4	Y (4)	N (0)	N	N	N
PAX5	EP300	N (0)	N (0)	N	N	N
SREBF1	CREB1	N (2)	N (0)	N	N	N
SREBF1	MYB	Y (7)	N (0)	N	N	N
RELA	REL	Y (200)	Y (450)	Y	Y	N
EGR1	GATA1	Y (28)	Y (2)	N	N	N
POU2F1	POU2F1	NAN	NAN	NAN	NAN	NAN
IRF1	TCF8	N (2)	N (0)	N	N	N
REST	RREB1	Y (4)	N (0)	Y	N	N
TCF8	ZNF42	N (2)	N (0)	N	N	N
GATA3	EP300	Y (3)	N (0)	N	Y	N
RUNX1	EP300	Y (8)	N (0)	N	N	N
RUNX1	GATA1	Y (81)	Y (7)	N	N	N
RUNX1	ZNFN1A1	N (1)	N (0)	N	N	N
ZNF42	HOXA5	N (0)	N (0)	N	N	N
GATA1	KLF4	Y (11)	Y (1)	N	Y	N
FOXJ2	FOXI1	N (0)	N (0)	N	N	N
SREBF1	EP300	N (1)	N (0)	N	N	N
SREBF1	GATA1	N (1)	N (0)	N	N	N
NFYC	SP1	Y (7)	N (0)	Y	N	N
NFYB	EVI1	N (0)	N (0)	N	N	N
SP1	ARNT	Y (360)	Y (13)	N	N	Y
FOXI1	FOXD3	N (0)	N (0)	N	N	N
REST	ELK1	Y (134)	Y (1)	N	N	N
GATA3	GATA1	Y (140)	Y (7)	N	Y	N
CREB1	SP1	Y (72)	Y (7)	N	Y	N
HAND1	PAX4	Y (3)	N (0)	N	N	N
EP300	PAX3	Y (3)	N (0)	N	N	N
GoogleScholar: Number of hits in scholar.google.com; Y if the number of hits is > 2
PubMed: Number of hits in PubMed; Y if the number of hits is > 5
HPREF: Peri, S. et al. Genome Res 13:2363-71 (2003). http://www.hprd.org
Rual et al: Rual, J.F. et al. Nature 437, 1173-8 (2005). Http://www.nature/com/nature
MPPI: Pagel, P. et al. Bioinformatics 21:832-4 (2005). http://mips.gsf.de/proj/ppi/