Summary of results
Parameters
threshold = low FP (p < 10-4)
maxd = 25, 50, 200 bp
species = hs
    total n   % of each pattern hs[1] % of each pattern mm[2] Chi2 test[3] expression p value[4] TSS position bias[5] order p value (binomial)[6] maxd[7]
name 1[8] name 2[9] hs mm 5'-3' 3'-5' 3'-3' 5'-5' 5'-3' 3'-5' 3'-3' 5'-5' p hs p mm hs mm hs mm hs mm hs mm
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
AP2 SP1 1989 1006 21 20 32 27 23 20 31 27 <1e-16 4.50E-06 ****       * *  25 50 200  25 50
HNF1 AML1 333 454 23 49 12 16 20 45 19 16 <1e-16 <1e-16         **** ****  25 50 25
SREBP1 RREB1 334 267 44 29 14 13 52 27 10 11 <1e-16 <1e-16 **       ** ****  25 50 200 25
NFY NFY 917 470 15 17 34 35 11 17 38 34 <1e-16 <1e-16 **** *          25 50 200 25
EGR1 SP1 1546 1073 33 32 18 17 36 33 14 17 <1e-16 <1e-16 ****   **** ****      25 50 200 25
EGR1 RREB1 498 361 10 13 34 43 9 13 39 39 <1e-16 <1e-16     **** ****      25 50 200 25
EGR1 MZF1 311 229 49 23 14 14 41 29 16 14 <1e-16 2.20E-09     **** **** ****    25 50 200 25
EGR1 PAX4 710 496 14 16 29 41 13 15 28 45 <1e-16 <1e-16     **** **** **** ****  25 50 200 25
COUP TCF11 180 248 18 13 57 12 13 16 57 15 <1e-16 <1e-16   *     **** ****  25 50 200 25
NFAT PAX4 184 188 60 16 10 15 66 10 10 15 <1e-16 <1e-16         **** ****  25 50 200 25
CREL RREB1 392 343 19 16 45 20 22 16 43 19 <1e-16 5.60E-14 *       **** ****  25 50 25
SP1 TAXCREB 1554 683 32 30 20 19 32 31 21 17 <1e-16 4.70E-10 ****         *  25 50 200 25
SP1 SP1 2418 1989 38 40 10 13 41 39 9 11 <1e-16 <1e-16 ****       *    25 50 200 25
SP1 RREB1 875 624 14 13 38 35 8 9 50 33 <1e-16 <1e-16     **** ****   ****  25 50 200 25
SP1 P300 976 344 33 31 19 17 35 33 17 15 <1e-16 2.10E-10 ****   **** ****      25 50 200 25
SP1 MZF1 630 415 34 35 14 17 39 38 14 10 <1e-16 <1e-16     **** ****      25 50 200 25
SP1 PAX4 1234 857 15 12 38 35 11 10 39 40 <1e-16 <1e-16 ****   **** ****      25 50 200 25
MEIS1A/HOXA9 TCF11 327 425 9 10 71 11 11 10 68 12 <1e-16 <1e-16         **** ****  25 50 200 25
TCF11 TAXCREB 205 228 10 11 70 9 12 13 62 13 <1e-16 <1e-16         **** ****  25 50 200 25
TCF11 CREBP1CJUN 295 356 9 11 75 4 8 4 82 6 <1e-16 <1e-16     **** **** **** ****  25 50 200 25
TAXCREB RREB1 351 298 46 25 16 13 53 17 17 13 <1e-16 <1e-16         **** ****  25 50 200 25
AML1 EVI1 613 847 17 20 43 20 15 16 45 24 <1e-16 <1e-16   *     **** ****  25 50 200 25
RREB1 P300 508 348 11 11 41 37 12 14 46 28 <1e-16 <1e-16           ****  25 50 200 25
RREB1 MZF1 520 443 13 14 46 27 11 11 48 30 <1e-16 <1e-16         **** ****  25 50 200 25
RREB1 GATA1 545 430 17 12 41 30 12 12 47 29 <1e-16 <1e-16 *       * ****  25 50 200 25
RREB1 PAX4 145 135 18 60 11 11 18 55 11 16 <1e-16 4.30E-14     *   **** ****  25 50 200 25
P300 MZF1 352 221 35 39 11 15 42 37 10 11 <1e-16 4.40E-16              25 50 200 25
P300 PAX4 517 405 15 12 38 35 12 17 39 32 <1e-16 2.20E-16              25 50 200 25
MZF1 MZF1 423 284 34 39 10 17 39 37 8 16 <1e-16 <1e-16         * **  25 50 200 25
MZF1 PAX4 604 429 17 11 38 34 11 14 38 36 <1e-16 <1e-16         *    25 50 200 25
MZF1 GKLF 176 177 36 48 7 10 38 41 15 7 <1e-16 5.50E-13     * ****   *  25 50 200 25
SREBP1 PAX4 622 267 36 32 19 14 45 29 16 11 1.10E-16 1.00E-15           *  25 50 200 25
GATA1 PAX4 546 386 18 14 32 36 15 16 31 39 1.10E-16 9.10E-14              25 50 200 25
E2F GKLF 176 161 12 13 52 23 11 12 45 32 2.20E-16 2.90E-11     **** **** ****    25 50 25
SP1 GATA1 651 472 31 36 18 16 34 33 17 16 4.40E-16 9.60E-12 **   **** ****      25 50 200 25
USF TAXCREB 330 286 19 19 45 17 20 20 44 16 1.30E-14 2.80E-12 *       **** ****  25 50 25
"OCT1" AML1 409 505 19 20 42 18 22 20 38 21 3.80E-14 2.30E-09         **** ****  25 50 25
CDPCR3 AML1 293 489 21 15 45 19 22 16 42 20 4.10E-14 <1e-16   *     **** ****  25 50 25
HNF1 NFY 215 186 11 19 47 23 20 13 49 18 2.40E-13 9.90E-13     **** **** **** ****  25 50 25
GATA3 PAX4 240 273 14 11 41 33 16 15 36 33 2.90E-13 1.60E-08     **** ****      25 50 200  25 50
AML1 PAX4 603 655 18 18 27 37 20 17 30 32 5.60E-13 6.20E-09     **** **** *    25 50 200 25
P53 TCF11 94 153 7 18 59 16 20 14 48 17 1.10E-12 6.80E-10         **** ***  25 50 25
TAXCREB PAX4 962 341 19 19 31 31 18 16 37 30 1.50E-12 6.80E-09     ***     *  25 50 200 25
GATA3 MZF1 1142 196 33 28 19 21 33 34 17 17 1.70E-12 0.00011     **** *      25 50 200 25
EGR1 P300 2110 245 30 29 21 21 35 33 16 16 3.30E-12 4.00E-07 ****   **** ****      25 50 200 25
AML1 RREB1 583 645 18 19 26 37 19 20 27 34 4.00E-12 4.20E-08     **** **** **    25 50 200 25
NKX61 PAX4 123 133 15 10 53 22 14 17 56 14 8.70E-12 2.00E-14         *** ****  25 50 200  25 50
EGR1 AML1 717 392 31 32 17 20 31 32 17 19 2.30E-11 2.10E-06     **** ****      25 50 200  25 50
P300 GATA1 625 252 35 29 16 21 30 37 15 18 2.60E-11 1.90E-06   ****          25 50 200  25 50
NFAT IRF1 251 1050 36 36 16 12 30 30 19 21 3.20E-11 1.20E-09   *          25 50 200
E2F PAX4 157 154 11 22 49 18 12 16 55 18 3.40E-11 1.20E-15     **** **** **** ****  25 50 25
AP2 RREB1 625 300 28 35 17 20 23 40 15 22 6.90E-11 3.00E-09     **** ****   ***  25 50 25
IRF1 PAX4 158 172 49 21 14 16 47 24 12 17 1.30E-10 2.50E-10   *     **** **  25 50 25
MZF1 GATA1 2115 278 26 31 21 22 33 33 17 17 2.30E-10 5.80E-07 ****       *    25 50 200 25
NFY SP1 2535 2251 29 21 28 22 27 22 27 24 2.70E-10 0.0011 ****   **** **** **** ** 200  
SREBP1 SP1 1760 227 20 22 30 28 19 13 31 37 3.10E-10 3.10E-07 ****   **** ****   *  25 200 25
RREB1 PAX3 258 236 31 39 12 18 27 34 20 19 4.50E-10 0.0034     ****        25 50  
GATA3 RREB1 485 282 18 18 37 27 15 15 37 33 4.80E-10 7.80E-10     ***   *    25 50 200 25
GATA2 RREB1 308 297 18 15 40 28 21 16 39 24 5.30E-10 6.90E-08         * **  25 50 200 25
IRF1 ISRE 394 406 16 17 33 34 20 20 29 32 6.90E-10 0.00044              25 50 200  
P300 GKLF 242 240 32 39 12 18 28 38 19 15 7.00E-10 2.30E-06              25 50 50
ZID MZF1 453 352 16 20 27 37 21 24 30 25 7.80E-10 0.11         *    25 50  
PAX5 SP1 904 631 31 29 17 23 31 33 15 21 8.20E-10 7.50E-12 **** *     * *  25 50 200 25
PAX4 GKLF 194 178 11 21 44 25 19 10 29 42 1.10E-09 4.80E-09       ** ** *  25 50 25
MZF1 PAX3 393 273 16 18 30 36 23 22 27 28 1.40E-09 0.37     ***        25 50  
TAXCREB MZF1 1644 167 30 28 20 22 26 40 20 14 2.00E-09 2.40E-05 ****   **** ****   ***  25 50 200 25
LMO2COM PAX3 185 194 17 16 45 22 21 18 39 22 2.60E-09 7.50E-05   * **** **** *** *  25 50 200  
SP1 GKLF 143 127 29 45 11 14 24 54 14 8 2.60E-09 1.90E-13   ** **** ****   ***  25 50 25
RREB1 CMYB 517 259 20 16 33 31 24 10 30 36 3.10E-09 1.90E-08 *         ***  25 50 25
TCF11 AML1 645 516 25 35 19 21 19 42 20 19 3.80E-09 <1e-16         ** ****  25 50 25
AP2 EGR1 1945 899 22 22 31 25 24 24 28 24 4.30E-09 0.34 ****       ** *  25 50  
SREBP1 EGR1 227 178 17 14 29 41 15 17 24 44 5.70E-09 4.50E-08     **** ****   **  25 200 25
FOXJ2 HFH3 608 1116 17 20 31 32 17 12 37 35 1.00E-08 <1e-16           ** 200 200
CMYB PAX4 569 461 16 22 28 34 20 21 27 32 1.30E-08 0.0013 **       *    25 50 200  
GATA3 P300 1025 1009 28 31 21 19 28 27 24 21 2.40E-08 0.0077     **** ***      50 200  
GATA3 GKLF 206 125 39 32 16 14 34 40 14 11 2.90E-08 9.30E-07              25 50 25
LYF1 PAX4 229 1127 18 14 40 29 20 22 26 31 3.00E-08 5.30E-06     **** ****     25 200
AP2 PAX4 838 402 29 32 19 20 21 40 16 23 3.30E-08 8.30E-12 *   **** ****   ****  25 50 200  25 50
TCF11 PPARA 164 200 18 45 24 13 17 39 27 18 3.30E-08 1.90E-05         **** **** 25  
GATA2 PAX4 243 256 14 16 35 35 21 18 35 26 3.70E-08 0.0011             25  
SP1 PAX3 904 432 19 22 32 28 17 21 31 30 4.00E-08 2.10E-05 **            25 50 200 25
USF MEIS1A/HOXA9 138 178 17 15 47 21 17 14 53 16 4.70E-08 1.10E-16     **** **** *** ****  25 50 25
GATA3 PAX3 170 176 16 16 44 24 21 15 34 30 6.80E-08 0.0011     **** **** **   25  
NFKAPPAB65 CREL 918 248 31 29 19 21 32 35 17 16 7.00E-08 2.40E-06   ****          50 200 50
SREBP1 MZF1 407 173 19 16 32 33 14 17 29 40 7.90E-08 9.10E-07   *          25 50 200 25
AML1 GATA1 2792 528 27 28 22 23 31 31 17 21 9.00E-08 1.70E-06 ****   **** ***      50 200 25
HFH3 PAX4 95 153 13 12 49 26 12 14 54 20 9.60E-08 9.30E-15         * ***  25 50 25
GATA3 GATA1 1108 1147 29 30 19 22 27 27 23 23 1.20E-07 0.048     **** ****     200  
SREBP1 TAXCREB 402 280 18 18 35 29 17 25 32 26 1.30E-07 0.005     **** ****      50 200  
E2F IRF1 241 212 17 19 41 24 19 14 44 23 1.60E-07 1.80E-09     **** **** ** ***  25 50 25
IRF1 GKLF 148 199 34 39 13 14 41 31 14 14 2.20E-07 1.60E-09              25 50 25
FOXD3 PAX4 90 140 17 12 51 20 16 7 57 20 2.20E-07 <1e-16         ** ***  25 50 25
GATA3 CMYB 132 150 21 46 20 13 25 33 25 17 2.20E-07 0.052     **** ** **   25  
P300 PAX3 1430 1106 20 22 29 28 22 23 28 28 2.60E-07 0.0029 ****           200  
NRSF ELK1 2345 1823 29 22 22 27 27 26 22 25 2.80E-07 0.0041 ****       ****   200  
HFH3 FOXD3 540 992 33 29 18 20 35 35 17 12 3.50E-07 <1e-16             200 200
SREBP1 P300 1257 927 19 25 30 27 21 20 29 30 3.60E-07 4.80E-06 ****       *   200 200
MZF1 LYF1 287 225 35 31 15 18 27 28 23 22 3.70E-07 0.47     **** ****      25 50  
AREB6 PAX4 250 260 38 27 14 20 30 25 20 25 3.80E-07 0.16     **** ****     25  
IRF1 AREB6 391 369 18 18 34 30 20 26 28 26 3.80E-07 0.14             50  
XBP1 RREB1 261 225 16 17 30 37 26 23 28 23 3.90E-07 0.68              25 50  
EVI1 PAX4 227 201 40 21 14 26 49 23 13 14 4.00E-07 1.00E-14         ** **** 25 25
PAX4 PAX4 99 128 49 16 20 14 48 19 16 16 4.20E-07 3.30E-08   * **** * *** **** 25 25
SP1 AHR 508 344 19 28 34 19 24 24 28 24 4.40E-07 0.52 ****       ***   25  
NRSF RREB1 889 630 30 29 18 23 30 26 20 24 4.70E-07 0.0035             50  
AP2 MZF1 488 229 21 18 35 27 21 18 41 21 5.40E-07 5.60E-07     **** ****   ****  25 200 25
FREAC3 PAX4 89 95 51 12 19 18 54 18 19 9 5.40E-07 1.70E-09         **** **** 25 25
SP1 GATA3 368 334 30 34 19 17 30 32 20 18 6.00E-07 0.00017     **** ****      25 50 200  
ELK1 MZF1 276 258 32 35 14 20 29 27 22 22 6.50E-07 0.29 **           25  
E2F FOXD3 102 119 18 49 16 18 28 39 18 15 6.70E-07 0.0012     **** **** ***    25 50  
HFH3 TCF11 112 122 21 47 14 17 24 35 21 20 8.80E-07 0.064         **   25  
HAND1E47 PAX4 2036 1842 22 22 27 29 24 23 27 26 1.10E-06 0.047 ****   *** ***     200  
NFAT GKLF 125 237 38 37 11 14 36 35 14 14 1.40E-06 2.30E-09             25  50 200
PAX5 P300 368 260 35 28 16 21 28 32 17 22 1.70E-06 0.0043       ****     50  
EGR1 GATA1 712 476 31 29 20 20 28 27 24 21 1.80E-06 0.087 *   **** ****      50 200  
EGR1 TAXCREB 914 593 32 27 22 20 31 26 23 20 2.00E-06 0.00074 * * **** ****      25 50  
EGR1 GKLF 107 74 45 28 16 11 20 49 19 12 2.30E-06 3.70E-05     **** ****   ** 25  
AREB6 MZF1 264 243 19 15 35 31 23 19 33 25 2.70E-06 0.03     **       50  
MZF1 HOX13 193 147 21 12 39 27 21 18 33 27 2.80E-06 0.049     **** ****     50  
RREB1 AHRARNT 244 205 12 23 36 29 17 18 36 30 3.00E-06 0.00012     **** **** *   25  
NFY EVI1 1383 1541 23 21 26 30 25 24 26 25 3.00E-06 0.72 ****   **** ****     200  
SP1 AHRARNT 3307 2567 26 27 26 21 26 28 25 21 3.10E-06 5.90E-06 ****       *** ** 200 200
PAX5 PAX4 407 288 21 16 30 32 22 20 29 29 3.20E-06 0.073       ****     25  
ZID SP1 419 343 18 20 27 35 19 22 31 29 3.20E-06 0.006 ****   **** ****     25  
AML1 LYF1 600 653 30 31 20 20 32 26 22 20 3.20E-06 0.00016             50  
SP1 AML1 339 2065 34 30 19 17 29 26 24 21 3.40E-06 3.40E-06     **** ****     25 200
SREBP1 GATA1 1303 1127 22 21 27 30 23 22 27 28 3.50E-06 0.0047 ****           200  
"OCT1" PAX4 119 113 23 45 16 16 22 27 27 24 4.00E-06 0.85         **   25  
AML1 P300 773 922 31 28 19 22 29 29 19 24 4.10E-06 6.20E-06     **** ****     50  
GATA1 GKLF 255 248 35 31 17 16 26 42 15 17 4.20E-06 3.20E-10           ** 50 50
TAXCREB SP1 1790 285 21 23 28 28 15 22 27 36 4.20E-06 3.10E-06 ****         **** 200 25
TCF11 ARP1 126 174 18 23 44 14 17 20 37 25 5.00E-06 0.0009         ***   25  
SREBP1 CMYB 243 260 17 16 32 35 20 23 26 31 5.10E-06 0.058             50  
    total n   % of each pattern hs % of each pattern mm Chi2 test expression p value TSS position bias order p value (binomial) order p value (binomial) maxd
name 1 name 2 hs mm 5'-3' 3'-5' 3'-3' 5'-5' 5'-3' 3'-5' 3'-3' 5'-5' p hs p mm hs mm hs mm hs mm hs mm
NOTES:
A) Click on header for brief explanation of entries in each column
B) Statistical significance:* = "p<0.01", ** = "p<0.001", *** = "p<0.0001", **** = "p<0.00001"
C) A gray shade in the TF names (columns 1 and 2) indicates that the order/orientation pattern was conserved between hs (humans) and mm (mouse, e.g. AP2-SP1 was significant both in hs and mm but TCF11-ARP1 was significant only in hs)
D) When an interaction was observed for multiple maxd values, here we report the values corresponding to the minimum Chi2 p value (i.e. the strongest evidence)
E) Entries marked in red correspond to the examples discussed in the text (Due to note D, the values reported here may not be the same as those quoted in the main text which may correspond to a different maxd)
F) For hs, 70% of the TF pairs reported here showed significant pattern biases for more than one value of maxd
[1]
Percentage of the total number of genes where the two motifs occurred within maxd showing each order/orientation pattern
[2]
Percentage of the total number of genes where the two motifs occurred within maxd showing each order/orientation pattern
[3]
p value for Chi2 test comparing actual distribution vs null hypothesis of uniform distribution
[4]
Permutation p value for the correlation between gene expression values for genes with the most prevalent order/orientation pattern
[5]
p value for t test comparing the distribution of positions with respect to the TSS of the two motifs
[6]
p value for binomial test for deviations from a uniform distribution using only those co-occurrences on the same strand or those occurrences on separate strands
[7]
maxd parameter where the significant interactions were observed
[8]
TRANSFAC name for motif 1
[9]
TRANSFAC name for motif 2